Sinergia fördert die Zusammenarbeit von zwei bis vier Forschungsgruppen, die interdisziplinär und mit Aussicht auf bahnbrechende Erkenntnisse forschen ("breakthrough research"). Die Beiträge umfassen bis zu CHF 3,2 Mio., minimal CHF 50‘000, im Verhältnis zur Anzahl der beteiligten Forschungsgruppen und der Dauer des Projekts (typischerweise CHF 200‘000 pro Jahr und Gruppe). Die Laufzeit beträgt 1 bis 4 Jahre. Es können mindestens 2 und höchstens 4 Gesuchstellende gemeinsam ein Sinergia-Gesuch einreichen.